AlleleID软件中文教程

北京天演融智软件有限公司

细菌鉴定的实验设计

AlleleID是一款旨在解决细菌鉴定、病原体检测或物种鉴定的综合性桌面工具。以CulsSTW多序列比对为核心，AlleleID可以设计用于物种识别/交叉物种鉴定的基因芯片探针以及用于实时PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探针, Molecular Beacons以及实时PCR引物。AlleleID还提供了支持可变剪切片段检测的微阵列实验设计。

物种鉴定分析/跨物种实验/等位基因鉴定分析

AlleleID使用ClustalW对序列进行排列，并分析保存和物种特定区域。您可以使用程序进行实时PCR引物设计（包含SYBR Green引物设计）和双标签探针设计（TaqMan probes,

TaqMan MGB and molecular beacons）。这些检测方法只用于进行菌株检测或从混合菌株中找到感兴趣的物种。为了进行交叉物种试验，AlleleID通过识别保守区域来设计通用探针。对于相关的生物体，当研究物种的基因组草图不可用时，可以使用AlleleID来研究其基因表达。这些强大的功能可以帮助解决了很多具有挑战性的难题，例如的检测、鉴定、定量以及污染物、环境等的监测。

检测成功的复杂算法

高度特异性寡核苷酸通过回避自动注释BLAST搜索结果找到的显着同源性区域而设计。实时定量PCR引物和探针阻止模板形成二级结构提升效率。"Minimal Set"，该程序较具创新性的特点之一，有助于设计较少数量的等位基因特异性寡核苷酸引物和双标记探针，其*特地识别来自混合物的所需物种/菌株/类群中的每一个，降低化验成本。对于类群或跨种分析，当类群或类群高度不同时，该特征尤其有用。对于一组预先设计的、经过验证的引物集合，AlleleID可以设计兼容的引物和探针的其余序列的物种鉴定或类群特异性检测。

AlleleID是一款旨在解决细菌鉴定、病原体检测或物种鉴定的综合性桌面工具。以CulsSTW多序列比对为核心，AlleleID可以设计用于物种识别/交叉物种鉴定的基因芯片探针以及用于实时PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探针, Molecular Beacons以及实时PCR引物。AlleleID还提供了支持可变剪切片段检测的微阵列实验设计。

检测成功的复杂算法

高度特异性寡核苷酸通过回避自动注释BLAST搜索结果找到的显着同源性区域而设计。实时定量PCR引物和探针阻止模板形成二级结构提升效率。"Minimal Set"，该程序较具创新性的特点之一，有助于设计较少数量的等位基因特异性寡核苷酸引物和双标记探针，其*特地识别来自混合物的所需物种/菌株/类群中的每一个，降低化验成本。对于类群或跨种分析，当类群或类群高度不同时，该特征尤其有用。对于一组预先设计的、经过验证的引物集合，AlleleID可以设计兼容的引物和探针的其余序列的物种鉴定或类群特异性检测。

广泛支持实时或定量PCR检测和SNP/表达微阵列
AlleleID可以设计较优的SYBR Green引物、TaqMan探针、TaqMan Minor Groove Bingding

(MGB)探针、FRET探针或者分子信标，用于实时定量PCR差异基因表达SNP基因型分类试验。您也可以设计实时PCR引物和双标记探针多达一万个序列在一个单一的运行SNP检测或表达微阵列。