程序内容
GPMAW的文档在帮助栏中提供,手册可以在网站下载。
通过**显示部分序列,您可以轻松获得给定肽的质量。为了便于导航,您可以使用特定颜色的残留物(提供三种不同颜色和下划线)。大多数设置可以很*地在系统设置框中预先设置。
显示1个或3个字母
平均质量/单同位素质量
固定残留物宽度
带有序列信息的提要栏
显示二硫化物桥、改性残留物等
自GPMAW 6.20开始,用户可以修改定义的pka值,并且从6.21开始也可以在常规质量表中定义。
GPMAW如何使用这些pka值?对于修改,这是相当简单的,每当它被定义在一个序列中时,pka值被纳入pi和电荷的计算中(也就是说,当残留物通过相关的修改进行修改时)。但是,对于mass文件,您必须特别告诉GPMAW使用用户定义的表,因为GPMAW可以使用四个不同的表。要在这些表之间切换,请输入系统设置,在对话框的**页上,您将找到以下选择:
GPMAW程序主要是作为蛋白质和多肽质谱分析的工具。然而,许多其他生物信息学工具也已经包含在内,因此该程序的使用远远**出了简单的质量分析。
除了ms/ms搜索,该程序不需要强大的处理器或快速硬盘,可以在任何系统上运行。运行ms/ms搜索您需要一个SVGA+分辨率的屏幕,或者您可以在上网本上运行它。
该程序可以运行在Windows 2000(即2000,XP, Vista, Win7)以后的所有32位版本的Windows上。它也可以运行在当前的64位版本上,但是还没有在这个平台上进行完整的测试。它也可以在Mac系统的Windows虚拟机上运行,但不能保证完全兼容。