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PC-ORD对电子表格中的生态数据进行多变量分析。PC-ORD的重点是非参数工具、图形表示、随机化测试和自举置信区间的社区数据分析。除了用于转换数据和管理文件的实用程序之外,PC-ORD还提供了许多统计数据包中不可用的排序和分类技术:CCA、DCA、指示物种分析、Mantel试验、部分Mantel试验、MRPP、PCoA、perMANOVA、RDA、双向聚类、TWINSPAN、Beals平滑、多样性指数、物种列表、许多排序叠加方法(定量、符号编码、颜色编码、网格、联合图、双情节、连续向量)、各种旋转方法、3D排序、Bray-Curtis排序、城市街区距离测量、物种面积曲线、树数据摘要、发布质量树图、自动驾驶模式的非度量多维范围(NMS或NMDS)。可以分析大型数据集。只要您计算机的内存够,大多数操作接受较多32,000行或32,000列和较多536,848,900个矩阵元素的矩阵。完整的手册包括上下文敏感的帮助系统。
新图形
山**图
山**图是在单个图形上一次显示多个非线性响应面的方法。我们知道的**个使用的是Nelson et al(2015)。在PC-ORD中,响应面叠加在一个排序上作为叠加。这使得能够同时测量和显示一维和二维,相关联的非线性社区-特质-环境。对于每个所选择的覆盖变量,我们跟踪特定的轮廓,*该变量的范围的百分比。每个包含的区域是一个“hilltop”,多个部分透明的山丘被叠加在一个排序上。结果图显示了许多非线性覆盖变量(例如,性状、物种丰富度或环境变量)在单个图中的较大值。因为hilltops是基于轮廓的响应面,您可以通过阅读叠加来更好地理解山**图的基础。在山**图和等高线图之间使用的主要区别是一次只能显示一个变量的等高线图,而在同一个排序上可以画出许多山峰。这是一个有缺失的信息,当转到山**图时,大部分的轮廓曲线被丢弃,但它具有同时表示多个非线性关系的优点。
PC-ORD对电子表格中的生态数据进行多变量分析。PC-ORD的重点是非参数工具、图形表示、随机化测试和自举置信区间的社区数据分析。除了用于转换数据和管理文件的实用程序之外,PC-ORD还提供了许多统计数据包中不可用的排序和分类技术:CCA、DCA、指示物种分析、Mantel试验、部分Mantel试验、MRPP、PCoA、perMANOVA、RDA、双向聚类、TWINSPAN、Beals平滑、多样性指数、物种列表、许多排序叠加方法(定量、符号编码、颜色编码、网格、联合图、双情节、连续向量)、各种旋转方法、3D排序、Bray-Curtis排序、城市街区距离测量、物种面积曲线、树数据摘要、发布质量树图、自动驾驶模式的非度量多维范围(NMS或NMDS)。可以分析大型数据集。只要您计算机的内存够,大多数操作接受较多32,000行或32,000列和较多536,848,900个矩阵元素的矩阵。完整的手册包括上下文敏感的帮助系统。
PC-ORD和R软件功能对比
虽然在PC-ORD和R中有许多相同的工具可用,但是用户体验从根本上不同。为了对R中的社区数据进行必要和适当的分析,您必须学习R编程语言,手动识别、搜索、下载“vegan”和各种其他的程序包,并根据需要修改代码以实现分析目标并获得合适的图形。PC-ORD软件操作简单、专家驱动的分析偏好选项、点击图形用户界面便利、交互式图形的功能很灵活、内置上下文敏感的帮助系统以及免费专用技术支持,这些在R软件里都是没有的功能。R软件鼓励用户开发脚本,PC-ORD还允许高级用户通过其“批处理”功能开发脚本,以及将用户开发的模块集成到菜单系统中。因此,PC-ORD使您能够快速、有信心地选择、运行和解释适当的分析,并在没有准备工作的情况下生成定制的、出版质量的图形。使社区分析的过程变得简单和*,以至于初学者实际上有可能做到这一点并且做得正确。PC-ORD不仅把您需要的大部分工具放在一个地方,而且因为编程已经为您完成了,您可以把时间花在探索数据、回答问题和测试假设等真正重要的事情上。PC-ORD帮助您确保可以清楚地看到数据集和目标的选项,并帮助您以强大的图形和详细的解释结果列表解释您的结果。
Functional Diversity
Functional diversity分析了样本单元x物种矩阵与物种x性状矩阵的组合。PC-ORD中的功能多样性措施的原理和使用在以下主题中描述。
其他已有的分析方法
Gower Distance
Gower(1971a)系数在相似性或相异性度量中是非常不寻常的,因为它可以基于定性(分类)数据、定量数据或两者的混合物来计算。分类数据作为匹配问题来处理:共享定性属性的项从该属性接收相似性单元。参看Legendre和Legendre(1998)对这个方法的详细描述。
Gower Distance,忽略0,0
Gower(1971)和Legendre以及Lengendre(1998)提出了一个有趣的但未经测试的Gower相似系数的变体,忽略了0,0数据对。如果这些双零点被认为是不明确的信息,那么可以从系数的计算中排除它们。双零点的敏感性在社区生态学的分析中产生了不必要的影响
(Legendre & Legendre 1989, p. 253; McCune & Grace 2002, p. 38, 51)。
Legendre和Legendre (1998)提出了Gower相似系数(S19)的修改版本,称之为" asymmetrical",因为匹配零点的处理不同于非零值。它与Gower系数相同,但不包括定量变量(0,0)对,因此,部分相似度的总和不是由p变量划分的,而是由p非(0,0)对的数目来划分的。
PC-ORD对电子表格中的生态数据进行多变量分析。PC-ORD的重点是非参数工具、图形表示、随机化测试和自举置信区间的社区数据分析。除了用于转换数据和管理文件的实用程序之外,PC-ORD还提供了许多统计数据包中不可用的排序和分类技术:CCA、DCA、指示物种分析、Mantel试验、部分Mantel试验、MRPP、PCoA、perMANOVA、RDA、双向聚类、TWINSPAN、Beals平滑、多样性指数、物种列表、许多排序叠加方法(定量、符号编码、颜色编码、网格、联合图、双情节、连续向量)、各种旋转方法、3D排序、Bray-Curtis排序、城市街区距离测量、物种面积曲线、树数据摘要、发布质量树图、自动驾驶模式的非度量多维范围(NMS或NMDS)。可以分析大型数据集。只要您计算机的内存够,大多数操作接受较多32,000行或32,000列和较多536,848,900个矩阵元素的矩阵。完整的手册包括上下文敏感的帮助系统。
改进的数据格式和管理
新性状窗口同时显示物种形状矩阵
分类变量类型中允许文本。例如,实验**的C变量由1,2,3替换,您可以把它们编码为"burned", "mowed", and control"。其结果是,分类变量不能再用于算术运算,只定义项目组。
变量类型之间的转换:
√ Categorical to Quantitative
√ Quantitative to Categorical
√ Categorical to Binary
行名称和列名称(首字母缩写)较多可以输入12个字符。
电子表格设计允许多达200万行或列。
精简导入\导出到Excel
新项目的拖放功能被重新设计,便于文件管理
点击save All保存具有共同碱基的相关新文件组
Export Project是将给定项目的所有文件和设置从一台机器移动到另一台机器的便捷方式
Modifed File | Import简单电子表格选项包括为矩阵定义特定范围的单元
紧凑格式:代码数量从较大为4位增加到较大为8位。代码名称(物种缩写)从较大8字符增加到较大12字符
单击并拖动切换矩阵
将主矩阵或*二矩阵转换为图形文件。这提供了一种使用PC-ORD以外生成坐标的简单方法。在版本6中,这个功能只作为外接程序"wk1togph"来使用
重新分类变量(数字到文本或文本到文本)
系统需求
Operating System: Windows 98, NT, ME, 2000, XP, Vista, 7, 8, and 10
80486 or higher CPU (including Pentium 4, Athlon, Celeron, etc.)
8 MB RAM (more RAM means ability to analyze larger data sets)
16 MB of available hard disk space