GPMAW软件安装教程 专业培训

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自GPMAW 6.20开始，用户可以修改定义的pka值，并且从6.21开始也可以在常规质量表中定义。
GPMAW如何使用这些pka值？对于修改，这是相当简单的，每当它被定义在一个序列中时，pka值被纳入pi和电荷的计算中（也就是说，当残留物通过相关的修改进行修改时）。但是，对于mass文件，您必须特别告诉GPMAW使用用户定义的表，因为GPMAW可以使用四个不同的表。要在这些表之间切换，请输入系统设置，在对话框的**页上，您将找到以下选择：
程序内容
GPMAW的文档在帮助栏中提供，手册可以在下载。
位置
高效液相色谱指数
理论PI
布尔和布雷斯指数
序列-1/3字母等
肽可以通过部分解理生成（图中蓝色上标表示），改性界点、改性残渣，即使是部分修改也得到有限的支持。为便于在序列窗口中引用着色的特定残留物而被带到这个窗口。用户可以配置显示的实际参数。通过单击标题，可以对任何列进行排序。*二次单击将反转排序。通过工具栏和/或弹出菜单（鼠标右键单击），您可以访问与消化（如模拟的HPLC反相色谱图）或当前所选肽（MS/MS裂解、肽信息、电荷与ph图）相关的其他功能。
自GPMAW 6.20开始，用户可以修改定义的pka值，并且从6.21开始也可以在常规质量表中定义。
GPMAW如何使用这些pka值？对于修改，这是相当简单的，每当它被定义在一个序列中时，pka值被纳入pi和电荷的计算中（也就是说，当残留物通过相关的修改进行修改时）。但是，对于mass文件，您必须特别告诉GPMAW使用用户定义的表，因为GPMAW可以使用四个不同的表。要在这些表之间切换，请输入系统设置，在对话框的**页上，您将找到以下选择：

GPMAW程序主要是作为蛋白质和多肽质谱分析的工具。然而，许多其他生物信息学工具也已经包含在内，因此该程序的使用远远**出了简单的质量分析。

该程序可以运行在Windows 2000(即2000,XP, Vista, Win7)以后的所有32位版本的Windows上。它也可以运行在当前的64位版本上，但是还没有在这个平台上进行完整的测试。它也可以在Mac系统的Windows虚拟机上运行，但不能保证完全兼容。

除了ms/ms搜索，该程序不需要强大的处理器或快速硬盘，可以在任何系统上运行。运行ms/ms搜索您需要一个SVGA+分辨率的屏幕，或者您可以在上网本上运行它。

程序内容
GPMAW的文档在帮助栏中提供，手册可以在下载。

序列处理:通过在Entrez和本地数据库(FastA格式和Swiss-Prot)中直接搜索数据库，从许多不同格式的序列中导入序列。序列可以保存在本地(数据库)中，以备将来参考。从序列窗口可以执行大量操作。序列可以以FastA格式导出(单个序列或同时导出所有序列)，以便于传输到其他程序。


Sequence handling: Import of sequences from a number of different formats with direct database search in Entrez and in local databases (FastA format and Swiss-Prot). Sequences can be saved in local files (databases) for future reference.
From the sequence window a large number of actions can be performed. Sequences can be exported in FastA format (either singly or all sequences at once) for easy transfer to other programs.
Mass analysis: The protein can be cleaved by automatic methods (e.g. a flexible nomenclature for defining enzyme actions) or manually. The peptides are displayed with a number of parameters (various mass values - mono, ave, charges - Bull&Breese index, HPLC index, pI, charge) and can be further worked upon (e.g. cross-linked, new cleavage).
Peptide mass searches can be performed on any local database in FastA format.
Bioinformatics: A number of graphs can be displayed, hydrophobicity, dot-plot, secondary structure prediction. BLAST searches can be performed on local databases. Multiple alignment using ClustalW.
The CustalW executable is now part of the GPMAw package, but on previous versions you have to install yourself. Read here how.

除了ms/ms搜索，该程序不需要强大的处理器或快速硬盘，可以在任何系统上运行。运行ms/ms搜索您需要一个SVGA+分辨率的屏幕，或者您可以在上网本上运行它。

程序内容
GPMAW的文档在帮助栏中提供，手册可以在下载。


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