北京天演融智软件有限公司(科学软件网)前身是北京世纪天演科技有限公司,成立于2001年,专注为国内高校、科研院所和以研发为主的企事业单位提供科研软件和服务的国家。
DNA Methylation Mechanism
In DNA, methylation usually occurs in the CpG islands, a CG rich region, upstream of the promoter region. The letter "p" here signifies that the C and G are connected by a phosphodiester bond. In humans, DNA methylation is carried out by a group of enzymes called DNA methyltransferases. These enzymes not only determine the DNA methylation patterns during the early development, but are also responsible for copying these patterns to the strands generated from DNA replication.
Salient Features Supported for MethyLight Assays in Beacon Designer™
a) Prediction of CpG islands in the DNA sequence.
b) Design methyl specific primers and TaqMan® probes.
c) Design suitable control primers and TaqMan® probes for corresponding unmethylated and untreated sequences.
d) Analyze pre-designed/published primers and/or TaqMan® probes and design of compatible oligos.
e) Primers and TaqMan® probes are designed by avoiding regions of homology identified by automatically interpreting BLAST search results.
双标记探针的设计
Beacon Designer目前支持四种基于探针的化学物质:
TaqMan探针
使用Beacon Designer优化TaqMan探针,帮助您研究差异基因表达或使用TaqMan SNP基因型检验研究SNP(单核苷酸多态性)。您也可以选择设计越来越流行的锁定核酸(LNA)取代TaqMan探针,这些探针比标准TaqMan探针更稳定。为了研究DNA甲基化,Beacon Designer帮助设计引物和TaqMan探针进行甲基化分析。甲基光是一种高通量分析,用于区分甲基化和非甲基化DNA。使用Beacon Designer,通过设计甲基化和未甲基化链的寡核苷酸,以及未经处理的DNA序列,可以设计合适的控制引物和探针。有了这些化学物质,您可以评估预先设计的引物或TaqMan探针。设计结果按顺序排列,给您一个可供选择的替代品列表。根据oligo的属性分配等级。
SYBR® Green Primer Design
TaqMan® Probe Design
Multiplex Real Time PCR Assay Design
HRMA Primer Design
MethyLight TaqMan® Design
Molecular Beacon Design
NASBA® Assay Design
FRET Probe Design
可用的设计选项
SYBR Green试验设计
SYBR Green可能是实时PCR化学中常用的。Beacon Designer设计SYBR Green PCR引物,帮助您评估预先设计的SYBR Green PCR引物集。您可以完全控制设计参数,或者您可以使用默认值,在经过大量的研究和与的交流之后选择。您甚至可以为您的特定研究需求选择您自己的默认设计参数。
除了在感兴趣的基因上定位引物外,信标设计者还可以设计外显子或外显子内含子连接的引物。这些引物设计的外显子内含子连接有助于选择性帮助从gDNA选择性扩增cDNA。
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