sequencher使用指南

  • 2025-02-20 15:26 28294
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NEXT-GENERATION DNA SEQUENCING (NGS)
Sequencher empowers the benchtop scientist by bringing the latest peer-reviewed NGS algorithms out of the command line and into an intuitive point and click interface.  Whether performing reference-guided alignments, de novo assembly, variant calling, or SNP analyses, Sequencher has the tools you need to get results.  Sequencher has integrated the comprehensive Cufflinks suite for in-depth transcript analysis and differential gene expression of your RNA-Seq data.  Sequencher can easily generate unique visualizations of your RNA-Seq data with custom plots and charts giving you publication-ready graphics in seconds.
sequencher使用指南
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们必备的工具。持续发展和改进超过25年,Sequencher提供了无与伦比的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
FastQC质量控制报告
在开始调整数据之前,先停下来考虑一下,我们的数据到底如何?现在我们可以用FastQC Quality Reports。我们在Sequencher中添加了FastQC程序。从Sequence > Analyses > FastQ Quality Report…启动此功能,您可以得到多达12种不同的度量结果。从‘Per base sequence quality’ 到‘Kmer Content’,从Sequence Duplication Levels’ 到 ‘Overrepresented sequences’,结果给出一个易于理解的交通灯系统图以及更详细的图表。


在组装前,使用报表个人数据集的质量,或随时质量。


RNA-Seq
RNA-Seq实验正在为蛋白质编码转录物的研究带来新的理解和知识,是否从不同时间点或在正常状态和疾病状态之间的正常组织。Sequencher家族新的程序是Cufflinks suite,研究RNA-Seq NGS数据的一系列程序。使用您喜欢的aligner对齐RNA-Seq NGS数据到参考序列中,然后使用SAM或BAM结果文件和参考GTF文件来启动Cufflinks。重点使用Cufflinks, Cuffmerge, Cuffdiff以及终数据以表格和图形展示这四个步骤过程的差异表达。Cufflinks suite命令行程序可以使用我们易于使用的图形界面。对于终控件,您也可以访问所有命令行函数,通过简单的点,然后单击Advanced(Edit)对话框。
sequencher使用指南
Trim Ends removes misleading data from the ends of sequencing fragments.
sequencher使用指南
Sequencher DNA序列分析软件是科学家们必备的工具。持续发展和改进超过25年,Sequencher提供了无与伦比的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
新一代测序技术
Gene Codes公司致力于为您带来各种各样的序列和汇编算法,既会在上发布,也可以让非访问它们。例如,GSNAP(Tom Wu, Genentech, Inc.) 被认为是正确识别拼接结的佳算法之一。
对大多数用户来说,如果我们有一些工具来帮助我们了解所有可用的标记和参数是什么以及它们如何影响程序,工作效率会有效提高。Sequencher界面可以帮助您选择选项、设置值,并通过描述和工具提示了解可用的功能。


仅需几步就可以执行SNP分析、甲基化分析或RNA A-G耐受性比对。
 
在Tablet上查看您的结果。
BWA, Velvet, Maq, GSNAP和Tablet只是Sequencher功能的基础。如果您正在对混合种群进行测序,那么就把参考向导队列与从头组装结合起来。将读数对齐到引用中并捕获未对齐的读数,以进一步参考基准排列或从头装配。


通过添加Cufflinks套件,您可以使用与我们开发的所有NGS算法相同的界面来执行rna-seq微分表达式。


我们还添加了您希望看到的图表,比如火山图,这样您就可以在不使用命令行的情况下查看结果。因为我们知道用户有自己喜欢的aligner,因此我们不会坚持让您用我们的aligner。只要您的aligner创建SAM或BAM作为输出,您就可以使用广泛使用的rna-seq工具之一来探索您的数据。
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