Chemcraft怎么使用

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Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单的元素，例如单的几何形状或振动模式。对于每个元素，从文件中提取所有可用数据：原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中（图1）。单击列表中的元素自动显示图像上的单几何或模式，并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化，包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算，通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外，Chemcraft概述了输出文件的基本部分，并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。
The program combines advanced graphical user interface and wholesome features designed for practical use. Chemcraft provides very detailed structured visualization of output files, based on dividing a file into separate elements and presenting them in an hierarchical multi-level list; this feature allows one to easily analyze complicated files, such as scan jobs, IRC jobs, or multi-job calculations. The graphical engine of Chemcraft does not require any hardware acceleration.

Chemcraft对于Gaussian用户
我们建议在Gaussian输入文件中输入#P GFINPUT POP(FULL, NBO)，以通过Chemcraft实现Gaussian输入文件的可视化。#P选项支持扩展打印输出；GFINPUT选项允许打印基组信息（基组中的基元的描述），而POP(FULL)可打印所有分子轨道系数(POP(REGULAR)也可以使用)。后两个关键词允许Chemcraft可视化分子轨道。POP（NBO）实现了自然键轨道分析的打印输出，其中计算了分子中的键。所有这些关键词都是可取的，但不是必需的。至于GAMES文件，可以从文件中看到不同的数据：原子核上的能量（能量梯度）、原子电荷、自旋密度和其他原子属性、NBO键属性（使用量、能量）、正常模式、分子轨道（Cartesian（6d等）或internal（5d）函数都可以被可视化），MO能量。从文件中读取标准或输入/ Z矩阵方向上的坐标并显示在图像上（这是为了正确地可视原子核上的能量所必需的，因为它们通常以不同于其他属性的排列方向打印）。对于能量表面扫描和IRC作业，所有几何形状按扫描步骤分组。对于每一个几何或振动模式，基本的数据概述并以“摘要”的形式显示（SCF能量，收敛标准等）。Chemcraft读取多步骤Gaussian作业，然后呈现为几个扩展节点的列表，每个节点表示文件中的单个作业。除了Gaussian输出文件外，Chemcraft还可以读取Formatted Checkpoint文件（.fch）, 从文件中提取分子结构和轨道。对于分子轨道和其他性质的可视化，Gaussian立方体文件也可以读取。

Chemcraft从NMR计算（GIAO,CSGT）的Gaussian日志文件中读取各向同性屏蔽值。提供了一种简单的工具，用于将它们重新描述成化学位移和在原子组内的平均值。

Chemcraft包含一组便于量子化计算的图形工具。它提供了方便的实用程序，有助于准备新的工作来计算和分析计算结果。其主要功能是对量子化学包生成的输出文件的可视化。主要支持的软件包是Gamess（美国版本和PCGamess）和Gaussian94-09。

Chemcraft对于Gamess用户
Chemcraft给Gamess-US输出文件提供了非常详细的可视化。文件中的下列数据可以以图形方式呈现：
 原子坐标（对应于所有或对称的原子，如果在文件中呈现对应的表）；


The "Tools/Create input file/GAMESS-US…" menu item allows a section of GAMESS-US input file with non-standard basis sets to be obtained quickly. The sections $DATA, $ECP are created from descriptions of basis sets in text format, which can be obtained at PNNL's Basis Set Order Form webpage

The molecule can be also rotated/translated using buttons on the toolbar to the right of the main window and keys Num1-Num9. One can alter the point which the molecule rotates around, pressing button  (see Interface notes). Pressing Shift with Num1-Num9 slowly rotates/translates the molecule.
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