正版软件 AlleleID软件免费版

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Alternative Splicing
DNA microarray is perhaps the most useful technology for splice variant studies. AlleleID® includes the ability to design microarray probes for detecting alternative splicing and gene splicing events.
AlleleID® designs two types of microarray probes that we call junction probes and exon probes, giving the user complete control over the design parameters.
AlleleID® detects the alternative splicing events by designing probes for each junction and/or for each splice variant created.

How AlleleID® Designs a Cross Species/Taxa Specific Assay
AlleleID® designs both real time PCR assays, including molecular beacons, TaqMan® probes, TaqMan® MGB, and SYBR® Green primers, and microarrays for designing a universal probe for taxa discrimination.

AlleleID是一款旨在解决、病原体检测或物种的综合性桌面工具。以CulsSTW多序列比对为核心，AlleleID可以设计用于物种识别/交叉物种的基因芯片探针以及用于实时PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探针, Molecular Beacons以及实时PCR引物。AlleleID还提供了支持可变剪切片段检测的微阵列实验设计。
检测成功的复杂算法
高度特寡核苷酸通过回避自动注释BLAST搜索结果找到的显著同源性区域而设计。实时定量PCR引物和探针阻止模板形成二级结构提升效率。"Minimal Set"，该程序具创新性的特点之一，有助于设计少数量的等位基因特寡核苷酸引物和双标记探针，其特地识别来自混合物的所需物种/菌株/类群中的每一个，降低化验成本。对于类群或跨种分析，当类群或类群高度不同时，该特征尤其有用。对于一组预先设计的、经过验证的引物，AlleleID可以设计兼容的引物和探针的其余序列的物种或类群特检测。




功能特征
Ÿ 物种试验
Ÿ 基因芯片的基因拼接/选择性剪接
Ÿ 外显子连接引物设计
Ÿ 实时PCR引物设计
Ÿ TaqMan探针设计
Ÿ SyBR绿色底漆设计
Ÿ 分子信标设计
Ÿ FRET探针设计
Ÿ 微阵列探针设计
Ÿ 精密化验设计
Ÿ 数据库支持
Ÿ 输入输出格式


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