Chemcraft怎样用 正规代理

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Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单的元素，例如单的几何形状或振动模式。对于每个元素，从文件中提取所有可用数据：原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中（图1）。单击列表中的元素自动显示图像上的单几何或模式，并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化，包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算，通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外，Chemcraft概述了输出文件的基本部分，并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。

Chemcraft从Gamess-US输出文件中提取分子轨道系数和基组信息，以等密度面的形式呈现分子轨道或由密度值着色的表面（平面、球体）（参加图3）。Chemcraft提供用轨道执行操作的一些可能性（例如将一个轨道乘以另一个轨道）。创建轨道的公式取自GAMESS-US分发的PLTROB程序的源代码。用密度值计算立方体能被很好地优化。注意，如果文件中有多个分子轨道系数表，Chemcraft可以提取它们中的每一个并允许它们被渲染（例如，在MCSCF计算中，可以显示规范或自然轨道）。除了轨道的可视化，Chemcraft还提供了一个简单实用的工具，用于自动确定原子轨道形成每个分子轨道，这对分析轨道很有用。

Chemcraft支持一个接口，用于快速创建具有非标准基组的GAMES-US输入文件的部分（图4）。从它们的描述中提取基集，可以在PNNL的网页上获得
/forms/basisform.html)。她们还可以由用户gaussians来补充。

Chemcraft从NMR计算（GIAO,CSGT）的Gaussian日志文件中读取各向同性屏蔽值。提供了一种简单的工具，用于将它们重新描述成化学位移和在原子组内的平均值。


与其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件，Chemcraft可以读取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem输出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件（这些格式未被全面支持）和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式（.31-.40文件）、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶体学CIF文件和简单的文本文件与原子的Cartesian坐标。Chemcraft提供了一个通过剪贴板导入/导出文本格式的原子坐标的接口，这有助于使用任何类型的计算数据。将原子坐标导出到剪贴板中对于快速创建输入文件也是有用的。Chemcraft包含一个分数坐标转换的功能，用于晶体学测量和Cartesian，反之亦然，用于单数（a,b,c等）。


“拖曳”原子或沿键旋转碎片的例子
当“拖动”原子或执行其他结构修改时，任何几何参数都可以控制在图像上（见图5）。Chemcraft的界面允许人们轻松地改变任何原子的类型或插入/移除一个键。Chemcraft提供了快速获取Z矩阵的实用工具。Z矩阵是通过点击分子中的原子并一些附加信息来建立的（图7）。在使用这个工具之前，首先应该在Cartesian坐标中获得分子的结构。所有用于构建分子的上述工具都可用于此目的。
应用一组的几何参数
Z矩阵的可视化构造
Chemcraft可以调节分子中的原子坐标以应用特定的对称性（图8）。这个工具在研究中非常有用，因为对称分子比非对称分子计算得更快。
Chemcraft supports an interface for quick creation of sections of GAMESS-US input files with non-standard basis sets (fig. 4). The basis sets are extracted from their descriptions, which can be obtained at PNNL's webpage /forms/basisform.html). They can be also supplemented with additional gaussians specified by the user.

Chemcraft包含一组便于量子化计算的图形工具。它提供了方便的实用程序，有助于准备新的工作来计算和分析计算结果。其主要功能是对量子化学包生成的输出文件的可视化。主要支持的软件包是Gamess（美国版本和PCGamess）和Gaussian94-09。
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