保证正版 GPMAW软件教程之实用教程

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The basic unit of most work in GPMAW is a protein sequence. You may choose to enter a sequence manually, load it from a database or directly from the Web (e.g. see B.1/2 and C.1). However, when you work with a sequence on several occasions, you will normally save it to a file on your hard drive. The main advantage to saving sequences locally, in addition to faster access, is that the sequence saved from GPMAW may contain additional information, e.g. modified residues, cross-links, annotations etc. Note that GPMAW sequence libraries may contain multiple sequences. This works in the way that when you save to a file, which already contains one or more sequences, the new one is appended to the file, instead of replacing it.

ClustalW in GPMAW has not been strongly advocated because the version of ClustalW that could be downloaded was not compatible with Windows XP. However, this has been corrected, and the installation description follows.

肽窗口列出了从给定蛋白质产生的所有肽以及大量（>20）物理化学参数。
充电-单次/多次/负/正
肽数
位置
液相色谱指数
理论PI
布尔和布雷斯指数
序列-1/3字母等
肽可以通过部分解理生成（图中蓝色上标表示），改性界点、改性残渣，即使是部分修改也得到有限的支持。为便于在序列窗口中引用着色的特定残留物而被带到这个窗口。用户可以配置显示的实际参数。通过单击标题，可以对任何列进行排序。第二次单击将反转排序。通过工具栏和/或弹出菜单（鼠标右键单击），您可以访问与消化（如模拟的HPLC反相色谱图）或当前所选肽（MS/MS裂解、肽信息、电荷与ph图）相关的其他功能。
自GPMAW 6.20开始，用户可以修改定义的pka值，并且从6.21开始也可以在常规质量表中定义。
GPMAW如何使用这些pka值？对于修改，这是相当简单的，每当它被定义在一个序列中时，pka值被纳入pi和电荷的计算中（也就是说，当残留物通过相关的修改进行修改时）。但是，对于mass文件，您必须特别告诉GPMAW使用用户定义的表，因为GPMAW可以使用四个不同的表。要在这些表之间切换，请输入系统设置，在对话框的页上，您将找到以下选择：
The display can be configured in multiple ways:
1- or 3-letter display, 
average mass/monoisotopic mass, 
fixed residue width, 
sidebar with sequence information, 
display disulfide bridges, modified residues etc.

You deselect all regions by clicking once in the sequence without holding down the Shift key.
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