Chemcraft案例数据 本地化服务

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Working with molecular structures

Chemcraft对于Gaussian用户
我们建议在Gaussian输入文件中输入#P GFINPUT POP(FULL, NBO)，以通过Chemcraft实现Gaussian输入文件的可视化。#P选项支持扩展打印输出；GFINPUT选项允许打印基组信息（基组中的基元的描述），而POP(FULL)可打印所有分子轨道系数(POP(REGULAR)也可以使用)。后两个关键词允许Chemcraft可视化分子轨道。POP（NBO）实现了自然键轨道分析的打印输出，其中计算了分子中的键。所有这些关键词都是可取的，但不是必需的。至于GAMES文件，可以从文件中看到不同的数据：原子核上的能量（能量梯度）、原子电荷、自旋密度和其他原子属性、NBO键属性（使用量、能量）、正常模式、分子轨道（Cartesian（6d等）或internal（5d）函数都可以被可视化），MO能量。从文件中读取标准或输入/ Z矩阵方向上的坐标并显示在图像上（这是为了正确地可视原子核上的能量所必需的，因为它们通常以不同于其他属性的排列方向打印）。对于能量表面扫描和IRC作业，所有几何形状按扫描步骤分组。对于每一个几何或振动模式，基本的数据概述并以“摘要”的形式显示（SCF能量，收敛标准等）。Chemcraft读取多步骤Gaussian作业，然后呈现为几个扩展节点的列表，每个节点表示文件中的单个作业。除了Gaussian输出文件外，Chemcraft还可以读取Formatted Checkpoint文件（.fch）, 从文件中提取分子结构和轨道。对于分子轨道和其他性质的可视化，Gaussian立方体文件也可以读取。


To visualize an orbital, one should open an output file and select the "Tools/Orbitals/Render molecular orbitals" menu item, or select an item in the list at the left (e.g., "Optimized geometry") and press the "Tools" button (below the list), then "Render molecular orbitals". In the window that appears one should select the required orbitals and press "Ok". Then in the list to the left choose the desired orbitals and press "Show isosurface" (an isosurface of value specified in "Value" textbox will appear) or "Show mapped plane" (a colored plane will appear with colors from blue to red corresponding to values in "Values range" textbox). The button "Plane position" allows the position and orientation of rendered plane to be altered. For antisymmetric orbitals, the "Both-signed" button should be pressed. The buttons "Keep this surface" and "Delete all" can be used to obtain multiple isosurfaces in the picture. For more details, see Working with cubes.

 偶极矩可视为指针；
 MO能量可以以数字形式显示。

Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具，这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测：
Ÿ 从标准分子片段（自由基等）中构建分子，提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性；

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