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Sequencher DNA序列分析软件是科学家们*的工具。持续发展和改进**过25年,Sequencher提供了**的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的深度和控制。Sequencher自带各种专有算法,可以为Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列数据生成结果。
Multiplex ID
Sequencher 5.2或之后的用户使用基于BWA, GSNAP 或Velvet从头或基于参考组件的复用方法。复用方法快速而*。每个DNA样本都有与其相关的特定条形码。Sequencher可以阅读这些条形码并将数据分成不同的文件或‘bins’。Sequencher获取每个‘bin’中的序列,并为您执行汇编或对齐。Sequencher的Multiplex ID可与单端或成对端数据一起使用。对于成对的端数据,每个读数在5’端必须有相同的条形码,可以被识别为一对。您可以使用Tablet阅读器查看多路复用组件或对齐的结果。


SNP分析
筛选下一代测序所产生的数以百万计的读物在寻找候选SNPs时面临重大挑战。Maq和GSNAP算法都包括SNP筛选功能。Maq具有两级筛选过程,初搜索读取和参考序列之间的差异。接着,筛选初始结果的过滤步骤,寻找每列读取的相同类别的小数量,以及嵌入在高质量区域内的变体。综合报告中给出了结果,您还可以在Maqview或Tablet中查看结果。


使用GSNAP,SNP分析采取不同的方法,查看之前报告的SNPs以及新的候选SNPs。用户必须提供已知的SNPs列表以及读取和参考序列。GSNAP对所有主要和次要等位基因进行SNP耐受性排列。该算法使微小等位基因与错配区分开来。综合报告中给出了结果,您还可以在Tablet中查看结果。
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BMA
BWA是Sequencher v5.2时添加到插件家族中的。Sequencher使用BWA-MEM, BWA软件包包含了快新的算法。BWA-MEM被设计为对齐70bp到1Mbp的序列读数到参考序列中。BWA在命令行中运行。Sequencher为您提供了一个易于使用的接口,它可以使您与命令行隔离,并且不必学习或使用命令行参数。*用户想要访问这些命令行函数,Advanced (Edit)对话框也允许您使用这些命令行。


GSNAP
GSNAP是Sequencher v5.0被添加到插件家族中。GSNAP使用压缩参考序列的基准参考对准的高效方法。当执行Next-Gen序列时,让GSNAP可以更快更简单。


GSNAP被设计用来执行Illumina-Solexa的基于参考对准和Sanger标准数据,这个标准数据是成对结尾或未成对结尾的。在GSNAP中,序列的长度不是问题,因为它可以在非常短的时间内与任意长的数据长度对齐。GSNAP可以处理Multiplex ID(MID)数据,从而进一步提高工作效率。Sequencher友好的界面允许您使用MID数据来发挥GSNAP的功能。Sequencher自动将数据按条形码分割成单独的文件,使用GSNAP将它们与引用对齐,并将结果放入单独的结果文件夹中。


用GSNAP进行任何对齐的结果可以在流行的Tablet浏览器中查看。
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Sanger序列
Sequencher使传统的序列装配变得*,同时又能让您保持对序列的控制。精简数据质量差的序列。您甚至可以创建一个整洁的标准库,让一切变得更简单。通过直观的控制,您可以为数据选择佳算法,包括汇编到参考中。如果您正在处理来自不同来源的多个示例,可以通过名称来对它们进行自动装配。使用工具编辑数据从来没有如此简单过,帮助您定位和处理模棱两可的问题,还可以检查杂合子并移动您的数据。使用信任值帮助修整数据、质量检查和SNP检测,以提高数据结果的质量。


序列编辑
Sequencher提供一个DNA序列编辑工具,您需要确保这个序列是**正确的。您可以在一个序列中查看一次您的色谱数据或在正向和反向方向查看多个对齐的色谱图。


它可以快速、方便地滚动对齐的数据,或者可以使用Sequencher的选择工具来**区域的差异或低质量。
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Sequence Editing
Sequencher gives you the DNA sequence editing tools you need to know that a sequence is absolutely correct. You can look at your chromatogram data one sequence at a time or view multiple aligned chromatograms in both forward and reverse orientations.
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