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A15 The Coverage button only appears when the sequence has a corresponding coverage map associated. This can be generated from mass searches, see later.
The [1] displayed in the first pane indicates that only a single peptide has been highlighted. You can highlight multiple sequences by holding down the shift button while selecting additional regions. Up to three regions can be selected at a given time. The region covered will only be shown for the last selection, while the mass will be for the total..
The next button is a shortcut to the annotation page. If the annotation is empty, the ’a’ in the button will be gray, if the annotation page contains text, it will be green, blue or red depending on the content of the annotation (Swiss-Prot, Entrez or unknown format respectively).
以上显示的,可以有多种配置方式:
显示1个或3个字母
平均质量/单同位素质量
固定残留物宽度
带有序列信息的提要栏
显示二硫化物桥、改性残留物等
通过**显示部分序列,您可以轻松获得给定肽的质量。为了便于导航,您可以使用特定颜色的残留物(提供三种不同颜色和下划线)。大多数设置可以很*地在系统设置框中预先设置。
序列窗口形成父窗口,从中可以创建大量派生子窗口:
肽窗口
MS/MS窗口
批量搜索、合成搜索
图表:疏水性、二级结构、电荷与酸碱度、点图、α螺旋轮
肽窗口
肽窗口通常通过自动摘要命令从序列窗口中调用。但是,也有其他方法,如手动或半自动分裂。
以及精美的图片都可以轻松完成。
GPMAW程序主要是作为蛋白质和多肽质谱分析的工具。然而,许多其他生物信息学工具也已经包含在内,因此该程序的使用远远**出了简单的质量分析。
该程序可以运行在Windows 2000(即2000,XP, Vista, Win7)以后的所有32位版本的Windows上。它也可以运行在当前的64位版本上,但是还没有在这个平台上进行完整的测试。它也可以在Mac系统的Windows虚拟机上运行,但不能保证完全兼容。
除了ms/ms搜索,该程序不需要强大的处理器或快速硬盘,可以在任何系统上运行。运行ms/ms搜索您需要一个SVGA+分辨率的屏幕,或者您可以在上网本上运行它。
程序内容
GPMAW的文档在帮助栏中提供,手册可以在下载。
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